本研究以「學術生產力」、「學術影響力」、「學術卓越性」三大構面作為世界大學科研論文質量表現之評比，共採用九個指標，分別為「近十一年論文數」、「當年論文數」、「近十一年論文被引次數」、「近二年論文被引次數」、「近十一年論文平均被引次數」、「近兩年h指數」、「高被引論文數」、「高影響期刊論文數」及「卓越領域數」，評鑑學校整體在學術品質及數量上於近期與長期累積的科研論文成果，並考量學校規模及優質研究進行綜合評比，各指標之內容比重如表一。

(1) 學術生產力：近十一年論文數、當年論文數

    論文發表數是書目計量最基礎的指標，由於論文是經由同儕審查後發表於專業的期刊，因此是合理衡量一國或一機構學術研究競爭力的指標，間接反映機構及各領域的科技活動進展之程度。本研究作為學術論文研究能量的評鑑部分，鎖定科技研究論文，觀察其於數量上之表現，「近十一年論文數」為其一指標，即ESI資料庫所統計各校1996至2006年間11年來發表於SCI與SSCI之文獻數量，「當年論文數」則於2007年7月2日至20日從WOS資料庫中檢索該校2006當年SCI與SSCI論文發表數，以作為另一指標。

(2) 學術影響力：近十一年論文被引次數、近二年論文被引次數、近十一年論文平均被引次數

    論文被引次數是一篇論文在特定期間內被引用的次數。此指標大略反映一篇論文在一領域內的科學影響力，被高度引用的論文不僅反映出一篇論文的品質與重要性，亦是論文在國際上可見度的直接表現。而平均被引次數則能評估該學校每篇論文之被利用程度或影響程度，並能將學校教職研究人數差距的因素調整降低，為考量論文品質與學校規模的指標。

    本研究作為學術研究品質的評鑑部分，「近十一年論文被引次數」採用ESI資料庫統計之各校1996至2006年間11年來SCI及SSCI論文所被引用的數量，「近二年論文被引次數」即採用WOS資料庫上該校前二年(2005年至2006年)SCI與SSCI論文發表數至檢索日期之所有被引用之次數總和。「近十一年論文平均被引次數」則利用「近十一年論文被引次數」除以「近十一年論文數」指標即可得之。

(3) 學術卓越性：近兩年h指數、高被引論文數、高影響期刊論文數、卓越領域數

    本研究作為優質研究成果之評鑑部分，嘗試利用近兩年h指數、高被引論文、具影響力期刊及傑出領域之角度評估各校優質研究比例，藉以推究該校整體學術卓越研究之表現。「近兩年h指數」指標中，本計畫嘗試將2005年由Hirsch所提出的h-index公式延伸至校級評估，其定義為：「一所學校擁有h篇被引次數達h次或以上次數的論文，且其他論文被引次數皆小於或等於h次時，該校即得到其h指數」，試圖用以統計學校二年間所有SCI及SSCI論文的h指數。h指數同時兼具評量論文數量與質量的特性，於本研究中將統計前兩年間學校累計SCI及SSCI論文之h指數，可用以瞭解各校於近兩年內之質量綜合表現。

    「高被引論文數」指標首先根據1997年至2007年二月ESI資料庫所提供之「Highly Cited Papers」數據，其定義為近十年內SCI與SSCI收錄論文中，各年各領域內被引次數排行前1%之論文數。「高影響期刊論文數」指標則採用JCR資料庫所統計各領域內影響係數排名前5%的期刊，利用此期刊名單分析各校2006當年論文中，發表於前5%期刊之論文數量。而「卓越領域數」指標則根據1996年至2006年之ESI資料庫所劃分之22個學科領域，計算各校十一年來被引次數進入世界前1%之領域數量，藉以評估該校表現優異之領域分佈概況及各學科是否獲得平衡發展，讓量少質精的科研大學能凸顯其傑出領域。