以教學為主的第一週期系所評鑑已經圓滿完成，明（101）年登場的第二週期系所評鑑，將以學生學習成效作為評鑑主軸。今（100）年3月走馬上任的國家教育研究院院長吳清山建議各系所，為教師與學生建立完整的教學及學習檔案，並且根據系所特色主動增加評鑑指標，強化自我優勢。未來大學評鑑也可在評鑑項目不變下，將評鑑指標區分為共同性、個別性與特色性三部分，凸顯系所的個別差異。