系所評鑑目前已經完成三個梯次34所大學校院近900個系所之評鑑，並已經公布二個梯次25所學校近600個系所之評鑑結果。本次系所評鑑由於評鑑標的（對象）相當明確，且涉及到被教育政策用來結合學雜費與進退場之嚴肅課題，因此整個評鑑機制，特別受到大學校院之關注，而出現相當多元之批評意見。其中有屬於事實者，評鑑中心當根據學界意見，進行改進；但批評意見中，亦不乏對整個評鑑機制有所誤解者，評鑑中心當有所回應，以正視聽。